Im allgemeinen Sprachgebrauch werden die Begriffe Allergie und Unverträglichkeit häufig synonym verwandt. Das liegt vor allem daran, dass die Beschwerden ähnlich ausfallen können. Dennoch ist eine nicht differenzierte Betrachtung beider Begrifflichkeiten ein grober Fehler, wenn man bedenkt, dass sich die therapeutischen Möglichkeiten und die Schwere der Symptome unterscheiden.
Während es bei einer Allergie zu einer Reaktion des Immunsystems (körpereigene Abwehr) kommt, sind bei Intoleranzen körpereigene Systeme nicht an der Reaktion beteiligt. Bei ersterem reagiert der Körper auf einen ungefährlichen Fremdstoff (Allergen) und zeigt darauf eine bestimmte Reaktion (Überempfindlichkeit). Schon der Kontakt mit geringen Mengen des Fremdstoffs (zum Beispiel durch Berührung oder Verzehr) kann heftige Reaktionen hervorrufen. Das Ergebnis sind oftmals Hautreizungen, Schwellungen bis hin zum anaphylaktischen Schock. Bei einer Intoleranz ist der Körper nicht in der Lage, bestimmte Nahrungsbestandteile zu verwerten, weil ihm die entsprechenden Enzyme zum Abbau während des Verdauungsprozesses fehlen. Bauchschmerzen, Blähungen oder Durchfälle können die Folge sein.
Klare Unterschiede, die deutlich machen, ob es sich um einen allergischen Zustand oder eine Intoleranz handelt, sind vor allem unter dem Aspekt der Reaktionszeit zu erkennen. Allergische Reaktionen treten meist nach wenigen Sekunden bis wenigen Minuten ein, wohingegen die Symptome einer Intoleranz bis zu 72 Stunden nach dem Verzehr eines Nahrungsmittels eintreten können. Die Symptome einer allergischen Reaktion sind zudem vornehmlich sehr stark ausgeprägt und können lebensgefährlich werden (zum Beispiel Schleimhautschwellungen oder Atemnot). Lebensmittelintoleranzen hingegen lösen weitaus schwächere Symptome aus, die weniger eindeutig auf die Ursache zurückzuführen sind. Eine Selbstdiagnose ist daher schwierig bis unmöglich, vor allem durch den verzögerten Symptomeintritt.